L'Istituto ha conservato gelosamente le sue carte sin dall'origine. Particolare cura vi ha dedicato il fondatore Galassi Paluzzi , che ha sempre personalmente seguito la formazione della struttura archivistica, ideando un titolario per ogni ufficio dell'Istituto e via via adattandolo alle eventuali nuove esigenze.

L'Archivio si articola infatti in alcune serie che testimoniano le diverse attività dell'Ente. Abbiamo così, per un panorama generale, la serie "Affari Generali", alla quale tutte le altre possono riferirsi, da quelle che testimoniano l'attività di divulgazione ("Corsi"), a quelle che hanno origine dalla costante ricerca scientifica, come "Pubblicazioni", "Congressi", "Latino", nonché le due riviste "Roma" prima e "Studi Romani" poi.

Tali serie sono per lo più tuttora aperte e riceveranno via via nuova documentazione, mentre sono ormai chiuse quelle di "Roma", di "Sezioni" (che, sorte dall'Istituto, hanno avuto vita breve) e di  "Roma nel Ventennale" (iniziativa enciclopedica mai realizzata).

L' Archivio dell'Istituto è stato dichiarato di notevole interesse storico il 22.10.1990 e, pertanto, è sottoposto alla tutela della legge 30.9.1963 n. 1409. Di esso si stanno completando l'ordinamento e l'inventariazione sistematici; le serie complete sono consultabili su appuntamento.