L’Istituto ha la sua sede – concessagli dal Comune - nell’ex convento dei Santi Bonifacio e Alessio, alla sommità del colle Aventino, uno dei più importanti centri monastici della Roma alto-medievale, fondato presumibilmente tra il VII e l’VIII secolo.

L’edificio presenta oggi le severe forme settecentesche conferitegli dal celebre architetto e cartografo Giovan Battista Nolli, per volontà del colto cardinale Angelo Maria Querini.

Vi si accede da piazza dei Cavalieri di Malta, celebrato capolavoro architettonico del Piranesi, attraverso un’ampia corte quadrangolare tenuta a giardino ed ornata di reperti archeologici.

Cuore dell’antico convento è il chiostro, edificato nel tardo Cinquecento reimpiegando preziose colonne antiche di marmi e graniti diversi, ornate da capitelli romani e rinascimentali; sulle pareti del chiostro è murata un’importante raccolta di epigrafi di epoca medievale.

Un’intera ala dell’edificio si affaccia sul Tevere, ed una loggia a tre fornici immette in un vasto giardino aperto su una spettacolare veduta di Roma.

All’interno diversi ambienti sono decorati con pitture settecentesche. L’antica biblioteca del convento, oggi Sala della Presidenza, reca sul soffitto un’Allegoria del progresso delle Scienze e delle Arti, datata 1754.